Pada tanggal 16 Agustus 2012 Menteri Agama telah menetapkan Peraturan
baru tentang tata kerja Kementerian Agama yaitu Peraturan Menteri Agama
(PMA) Nomor 13 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama yang
ditetapkan pada tanggal 16 Agustus 2012 dan mulai berlaku pada tanggal
diundangkan, 24 Agustus 2012. PMA 13/2012 ini sekaligus mencabut Keputusan Menteri Agama Nomor
373 Tahun 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor
Wilayah Departemen Agama Provinsi dan Kantor Departemen Agama
Kabupaten/Kota.
Berdasarkan PMA No.13/2012 ini Seksi Madrasah dan Pendidikan Agama Islam pada Sekolah berubah nama menjadi SEKSI PENDIDIKAN MADRASAH.
Berdasarkan PMA No.13/2012 ini Seksi Madrasah dan Pendidikan Agama Islam pada Sekolah berubah nama menjadi SEKSI PENDIDIKAN MADRASAH.