Berdasarkan PMA No. 13/2012:
Seksi Pendidikan Madrasah mempunyai tugas melakukaan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi pada pendidikan madrasah.
Susunan Organisasi Seksi Pendidikan Madrasah:
- Kurikulum dan Evaluasi;
- Pendidik dan Tenaga Kependidikan;
- Sarana dan Prasarana;
- Kesiswaan;
- Kelembagaan dan Sistem Informasi Madrasah; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional.